Sono organi del Consorzio:
a) il Consiglio di amministrazione;
b) il Presidente;
c) il Direttore;
d) il Comitato tecnico;
e) il Collegio dei revisori dei conti.
La struttura organizzativa del Consorzio si articola nelle diverse sezioni qui riportate:
Amministrazione e Servizi generali
Gestione dei sistemi
Calcolo ad alte prestazioni e Applicazioni Scientifiche e Ingegneristiche
Servizi per le biblioteche e l'Editoria Elettronica
Sviluppo e gestione di Applicazioni software e Sistemi Informativi
Sezione di Roma